Eine Haartransplantation kann erfolgen, um einen Haarverlust (Alopezie) auszugleichen. Am häufigsten liegt die so genannte männliche Form des Haarausfalls vor (Alopecia androgenetica), die bisweilen aber auch Frauen betrifft. Es kommt durch genetische, hormonelle und altersabhängige Faktoren zu einem Verlust von Haaren, der einen charakteristischen Verlauf nimmt. Zunächst kommt es zu den so genannten Geheimratsecken an den Stirnseiten, daraufhin fallen Haare am Hinterkopf und Scheitel aus, und am Ende finden sich Haare auf dem Kopf nur noch kranzförmig seitlich und hinten.
Bei einer anderen bisweilen vorkommenden Art des Haarverlustes (Alopecia areata) kommt es schnell zu kahlen, rundlichen Stellen der Haut durch eine Fehlreaktion des Immunsystems (Autoimmunerkrankung). Da an den Stellen die Haare wieder neu wachsen können, ist eine Haartransplantation bei dieser Form normalerweise nicht angezeigt.
Bei einigen weiteren Formen des Haarausfalls kann die Haartransplantation jedoch sinnvoll sein, z. B. bei haarlosen Stellen aufgrund von Narben.