Der Arzt setzt das Handstück des Lasers auf die zu behandelnde Hautstelle. Die zuvor eingestellten Lichtimpulse werden auf die erkrankte Haut abgegeben. Der Laser wird auf dem Krankheitsherd weiterbewegt, bis dieser komplett behandelt ist. Gegebenenfalls muss eine Schablone verwendet werden, um umgebendes gesundes Gewebe zu schützen. Die Behandlung wird einige wenige bis viele Male wiederholt und erfolgt normalerweise wöchentlich zwei bis drei Mal.
Es kommt nach der Excimer-Laserbehandlung fast immer zu einer Rötung und bisweilen zu Schmerzen, Blasenbildung und Verkrustungen. Es können Pigmentverschiebungen verursacht werden. Es ist nicht auszuschließen, dass es durch die UV-Strahlen zu einer Schädigung des Erbguts der Zellen kommt. Unter Umständen kann dies zur Krebsbildung führen.
Eine Nachbehandlung, z. B. mit Salben, kann vom Arzt verordnet werden und sollte dann regelmäßig durchgeführt werden.