Die Schmerzen nach der Behandlung sind meist gering. Es kann zu Blutungen und Nachblutungen, Wundheilungsstörungen und Infektionen kommen. Bei der Strip-Technik entsteht meist eine wahrnehmbare Narbe, die aber im behaarten Bereich liegt und somit gut überdeckt werden kann. Bei der FUE-Technik kommt es normalerweise nur zu äußerst kleinen Narben.
Nach einer Haartransplantation sollte verhindert werden, dass eine zu große mechanische Belastung der Kopfhaut die Einheilung stört. In den Wochen nach der Behandlung sollte daher weitestgehend auf stärkere körperliche Betätigung verzichtet werden. Ein Besuch in der Sauna, im Schwimmbad oder zu starke direkte Sonne können den Heilungsverlauf ebenfalls stören. Eventuell kann eine locker sitzende Kopfbedeckung getragen werden. Haare schneiden ist frühestens zwei Wochen nach der Transplantation möglich, mit eventuellem Färben der Haare muss mindestens einen Monat gewartet werden.
Normalerweise wird eine große Anzahl der transplantierten Haarfollikel von der Haut angenommen, nur wenige sterben ab. Ein im Endeffekt erfolgreiches Übertragen der Haare kann jedoch nicht in allen Fällen gewährleistet werden. Das Ergebnis lässt sich endgültig erst nach einem halben bis einem Jahr beurteilen, da die verpflanzten Haare oft erst wieder ausfallen, bis sie neu sprießen. Ein weiterer Haarausfall an anderer Stelle ist durch die Erbanlagen vorgegeben und kann auch durch eine Haartransplantation nicht verhindert werden.
Bei Haarausfall kann vorbeugend ein Medikament eingenommen werden, insbesondere können sich die Wirkstoffe Finasterid und Minoxidil eignen. Eine ganz andere Möglichkeit ist z. B. das Tragen einer Perücke oder eines Haarteils.
