Bei einer Darmspiegelung kann es zu mechanischen Schäden kommen. Möglich sind unter anderem Blutungen, Schleimhautabschürfungen und in äußerst seltenen Fällen eine Durchstoßung der Darmwand. Bei Biopsien (Gewebeentnahmen) kann es zu ähnlichen Komplikationen kommen.
Da bei der Röntgenuntersuchung und bei der Computertomographie (CT) Röntgenstrahlen zum Einsatz kommen, kann es zu Strahlenschäden kommen. Diese können zu einer Schädigung des Erbguts führen, wodurch nicht auszuschließen ist, dass eine Krebsentstehung hervorgerufen wird. Wird ein Kontrastmittel verabreicht, kann der Patient darauf bisweilen allergisch reagieren.
